現在３路線で営業しているカイロ地下鉄は、アフリカ大陸で最初に開通した地下鉄である。最初に開業した１号線は南北方向に都心部を貫いて走る。２号線は北部から都心に入り、１号線のAl Shohadaa駅とSadat駅において２度交差したのち、ナイル川の下を通って南部のギザ地区に至る。また、３号線は西部から北東部のヘリオポリス地区を結び、さらにカイロ国際空港に至る路線である。地下鉄の運営を行っているThe Egyptian Co. for Metro Management & Operation（ECM）は、エジプト国鉄（Egyptian National Railways:ENR）傘下の地下鉄保守・運行会社である。
１号線は都心部にトンネルを新設し、市の北部と南部にあったENRの近郊線を結んだ路線である。1982年に着工され、南部のHelwan ～ Mubarak（現Al Shohadaa）間27.5kmが1987年９月に開通した。北部のMubarak（現Al Shohadaa）～ El Marg 間14.5kmは1989年４月に開業し、さらに1999年には、カイロ環状道路に接するNew El Marg 駅まで延伸された。もともとENRの近郊線を改良したため、平均駅間距離が1.5kmある。また、ENRの南部区間が架空線方式（直流1500V）で電化されていたため、非電化だった北部も同一方式で電化された。ホーム長は200mあり、９両編成（３ユニット）で運行している。
２号線は1993年に建設が開始され、1996 年10 月にShubra El Kheima～Mubara（k現 Al Shohadaa）間８kmが開業したのに続き、1999年４月にはナイル川を横断してCairo University駅まで延伸された。ナイル川の下を通る初めての路線で、泥水シールド工法で掘削された。さらに、2000年10月にピラミッドやスフィンクスの最寄り駅となるOmm El Masreen 駅まで、2005年１月にはEl Monib駅まで延伸開業した。２号線は第三軌条方式を採用し、８両編成の電車が運行している。
３号線は2007年に建設が開始され、2012年２月にAttaba ～ El Abassiya間4.3kmが開業、2014年5月にはAl Ahram 駅までの6.2kmが延伸開業した。全線開業時には33km29駅（地下駅27駅）となる計画である。
なお、トラム車両の供給やメンテナンスサービスにおいて現地の信頼を得ていた日本は、三菱商事・東芝・近畿車輌のグループが１号線の３次車から地下鉄車両の受注を獲得した。この実績が、その後の２・３号線車両の受注にもつながることとなった。
今後整備される路線として、４号線（42km）のカイロ中心部からピラミッド地区を結ぶ第１期区間16駅19kmは日本の有償資金協力事業として建設準備が進められている。また、５号線（20km）、６号線（30km）の整備も計画されている。