最初の開通は1972年９月のFremont 〜MacArthur 間であった。
通称バート（BART）と呼ばれているサンフランシスコの地下鉄は、サンフランシスコ湾に架かるオークランドベイブリッジの渋滞対策を契機として建設が計画された。1962年に実施された住民投票の結果、地下鉄の建設と、Muni という愛称の市電を同時に地下化する案に賛意が集まり建設が始まった。
BART の建設にあたっては、車社会のアメリカにおいて乗客を鉄道に呼び寄せるため、列車の高速走行、居住性に優れた車両の導入、コンピューターによる中央運転制御方式の採用、世界初となるストアードフェア方式の乗車券の導入、パーク・アンド・ライドシステムの整備など、最先端のさまざまな工夫が取り入れられた。未来を先取りしたと称されたこの地下鉄は、その先進性でアメリカのみならず、世界的に大きな影響を与えたといえる。
開業後も延伸を重ね、現在は４路線５系統が運行しており、このうち４系統がサンフランシスコ湾の海底を横断して対岸のオークランドを結んでいる。2003年６月には、サンフランシスコ国際空港への乗り入れも開始した。高架で湾岸を走るため、強風による転覆対策として、現存鉄道では最大の軌間（1676mm）が採用された。
BART は、Bay Area Rapid Transit の名が示すように、湾岸を囲む９つの郡（カウンティ）が、委員会を1951年に設立したのが始まりである。域内にはサンフランシスコをはじめ、オークランド、バークレー、リッチモンドなど約30都市が含まれており、いずれもBART を誇りにしている。
現在、Fremont 〜Warm Spring 間7.6kmの延伸工事を進めているが、さらに南へMilpitas までのびて、ここでサンタクララのVTAライトレールと接続し、最終的には終点はCaltrain のSan Jose Diridon 駅を予定している。